Fizik atom sentiasa mengkaji atom secara berasingan, iaitu satu model akan terdiri daripada sebiji nukleus tunggal yang dikelilingi oleh satu atau lebih elektron terikat. Bidang ini tidak kena mengena, baik dengan pembentukan molekul (walaupun kebanyakan fiziknya adalah sama) mahupun dengan jirim termeluwap, iaitu atom dalam keadaan pepejal. Sebaliknya, fizik atom adalah berkaitan dengan proses-proses seperti pengionan dan pengujaan oleh foton-foton atau perlanggaran zarah-zarah atom.

Sedangkan pemodelan atom secara berasingan kelihatan mungkin tidak realistik, jika seseorang mempertimbangkan atom-atom dalam sesuatu gas atau plasma, jadi jangka-jangka waktu untuk saling tindak atom adalah amat besar berbanding proses-proses atom yang dipertimbangkan. Ini bermaksud bahawa setiap atom boleh diolahkan seakan-akan atom itu adalah dalam keadaan pemencilan kerana seringnya, atom-atom itu memang dalam keadaan sebegitu. Atas sebab ini, fizik atom membekalkan teori asas untuk fizik plasma dan fizik atmosfera walaupun kedua-dua cabang fizik ini adalah berkenaan dengan bilangan atom yang amat besar.